Конфы такой у меня на руках нет, но стал бы искать примерно так.
Для начала убедись, что это префикс именно организации (в копии поменяй у организации префикс на что-нибудь оригинальное, затем создай новый элемент и убедись, что в твой префикс кода подставляется именно префикс организации).
Попробуй отладчиком поймать. Возможно, в какой-то момент алгоритм уходит в механизмы автонумерации в общих модулях. Может, подписка на события записи срабатывает, а в явном виде из формы или объекта при этом не растут ноги. Возможно, включили режим распределенной базы или какие-то настройки по этой теме взвели и объекты стали нумероваться с префикксами узлов.