MS SQL Server тут ни причем обычно. Обычно где-то что-то косолапо.
Если в сети действительно нет проблем, то:
1. Учетная запись под которой работает сервер предприятия 1С д.б. в группе Power User на том компьютере на котором работает.
2. Если у вас сервер предприятия и SQL сервер - разные машины и учетные записи локальные созданы на обоих машинах (т.е. используется не доменный пользователь, а "доверительные" отношения для соединения) то и на SQL сервере учетная запись сервера предприятия д.б. в группе Power User. (да и оба сервера д.б. с одинаковыми сервис-паками тогда уж.)
3. На компьютере с сервером предприятия должны стоять клиентские компоненты SQL сервера с тем же сервис-паком что и на SQL сервер установлен.
4. В настройках используемых протоколов лучше оставить включенными Shared Memory и TCP/IP и на стороне сервера предприятия и на стороне SQL сервера.
5. Либо у вас часто опухает процесс rphost.exe до предельно допустимого размера.
С этой бедой единого решения нет. При одной конфигурации компьютера сервера работает стабильнее при другой - хуже, приходится экспериментировать.
Успехов.