У меня вылечилось так:

Если конфигурация находится на поддержке с возможностью изменения, то для решения проблемы попробуйте:

а) Снять конфигурацию с поддержки в файловом варианте. Сохранить конфигурацию.

При снятии с поддержки из таблицы удалится запись с родительской конфигурацией, из-за которой возникает ошибка "Недостаточно памяти".

б) Выгрузить базу в DT файл.
в) Загрузить DT файл в новую ИБ.

г) Поставить конфигурацию на поддержку в новой ИБ.
Для этого необходимо выполнить сравнение / объединение с дистрибутивом такой же версии или более новой.

На вопрос о постановке на поддержку ответить утвердительно, и проверить расстановку правил объединения для объектов (как если бы Вы производили простое объединение, т.е. с сохранением Ваших доработок).

После выполнения объединения Ваша конфигурация окажется на поддержке.

Есть только одна тонкость.
Если Вы изменяли имена объектов метаданных, то некоторые из таких объектов могут не сопоставиться с соответствующими объектами дистрибутива.
Можно дать такой совет: если переименования объектов производились, следует перед объединением проверить соответствия, и, при необходимости, установить их вручную.