На самом деле отношение к нумерции счетов-фактур достаточно вольное. Главное, чтобы номер-счета фактуры был уникальным. И потом, смотря какой бух просит. Если главный - то он и определяет политику компании в области бухучета. Ему за все и отвечать.
Изменение автонумерации счетов-фактур чревато только одним - если для каких-то счетов-фактур основание будет не документ реализация (например, авансовый с/ф) - то возникнет проблема. Номер счета-фактуры будет присвоен автоматически и при создании документа реализации с таким же номером возникнет коллизия. Это можно обойти использованием префикса, но тогда мы фактически получим несколько серий номеров счетов-фактур. А это не хорошо. В любом случае, если есть возможность обойтись без этого - лучше оставить стандартную версию.

В качестве префикса можно ведь использовать и цифры. Правда с автонумерцией в этом случае придется попрощаться и формировать номера самостоятельно.

Тогда соответствие номеров счетов-фактур и документов реализации недопустимо, так как в любом случае нужно будет выставлять счета-фактуры на аванс или еще по каким-то причинам (например, исполнение обязанностей налогового агента) Еще можно сделать финт ушами и брать за исходный номер не номер документа реализации, а номер счета-фактуры. То бишь сначала получить номер с/ф, а потом присвоить его номеру накладной.