supervkПосмотреть, кто последний вносил изменения в файлы сломавшихся таблиц.

Нет "сломавшихся таблиц".
Есть банальный счетчик входов-выходов в 1susers.
Ненулевое значение которого при подключении первого пользователя заставляет 1с вопить о необходимости реиндексации. Даже если никакого изменения данных не было.

А потому единственно верный совет - смотреть записи входа-выхода в журнале регистрации.
Причем юзеры могут быть не виноваты. А могут быть. 1С так долго закрывает несколько сотен своих файлов, что некоторые успевают выключить компьютер, закрыв 1С перед уходом домой.