НачатьТранзакцию();

// много-много исполняемого кода............

ЗавершитьТранзакцию();

Массовая запись ускоряется радикально, чтение данных - вряд ли.

И это как раз то немногое, что через ОЛЕ не работает.
Возможно, код неоптимален.
Для рекомендаций слишком мало подробностей - методы оптимизации сильно зависят от особенностей базы.
Но, если "в 1С не силен" - лучше ничего не трогать.

поспешил..

ЗафиксироватьТранзакцию();

Быстрее будет работать запрос, в тексте которого определены все нужные в дальнейшем поля, а также условия (если реально нужен меньший объем данных чем тот , что перебирается в цикле).
т.е. вместо
OleEntry := Handle1S.CreateObject('Операция');
лучше
OleEntry := Handle1S.CreateObject('Запрос');
OleEntry.Выполнить('................. текст запроса ...............');

Однако у 7-ки значения параметров запроса явно не устанавливаются, а берутся из контекста в момент запрос.выполнить();
Поэтому здесь надо построить такой текст запроса, чтобы значения параметров определялись в нем явно.
Для простых значений это несложно, для ссылок - может быть затруднительно.
Поэтому лучший вариант - организовать функцию в глобальном модуле, которой передаются значения параметров, требуемых для запроса, она делает всю обработку и возвращает результат запроса непосредственно или в таб.значений. Ее одну и вызывать из внешнего приложения.
Если нельзя организовать свою процедуру в ГМ - ее можно организовать во внешней обработке. Это чуть изощреннее.