За неимением советов могу предложить следующее.
1)Выгрузить данные.
2) Поднять базу в dbf.
3) Проверить на ошибки.
4) создать новую базы в SQL и впизнуть туда выгруженную, есл ошибок не найдено.
5) Переподключить пользователей.

Это все, если sql dba вам ничего не сможет предложить или таковой отсутствует.

Задайте вопрос к 1С на линию консультаций. У меня была практика, когда 1С успешно поправила bin после запроса.

IglooТак перевел всех пользователей что б работали через терминал... вроде все нормально перестали вылетать... Но где копать?, что б работали по сети а не через терминал
Вот это неверно, пусть через терминал и работают, существенно быстрее обработка даннных происходит.

Бахаха. - время ожидания истекло. Как умилительно. Именно из-за этого сообщения все и не любят 1С. Смысл - в сообщении. Методы оптимизации 1С - кучу раз обсуждались на форуме - включите поиск. А то что железяка у вас шумела, простите, такие вещи надо сразу проверять, например пингом с каждой машины. У нас такое было - при включении одного компа резко падала скорость обработки у всех пользователей - вылечилось заменой карты на найденной машине.