Во-первых, соглашусь с рубль, что если нет документоборота, то никакая система не поможет хоть за 120 тыс., хоть за 120 млн.
Поэтому совет первый - напишите документооборот с приложением всех входных и выходных форм. Это поможет решить множество проблем в будующем даже если автоматизации не будет.
Например, на моем предприятии после кризиса была развалена практически полностью система документа оборота. В результате половина внутренних документов просто не оформляется и бухгалтерия каждый месяц стоит на ушах.

Во-вторых, Донести до руководства, что не все зависит от самой системы. очень многое зависит от людей. Т.е. система может выдать только те данные которые введены. Вариант здесь считает, здесь не считаем, а здесь селедку в бумагу заворачиваем для любой системы не проходит.
При внедрении системы отрицательно сказывается внутренний саботаж сотрудников, которые не хотят или не могут работать правильно. Поэтому у руководства должна быть понимание и воля, что с некоторыми людьми нужно будет растаться либо для особо незаменимых нанять оператора, который будет заносить за этого человека данные в машину.

В-третьих, после документооборота пишите ТЗ куда кроме самого документооборота войдут всячиские желаемые удобства, функции и т.п.,что не входит в сам документооборот.

Вот после этого можно говорить уже о выборе системы, т.е. писать либо брать тиражку.

По моему же скромному мнению писать своими силами бухгалтерию просто глупо, т.к. она реализована достаточно прилично во всех системах.
Также это можно отнести и к заплате и кадрам. Единственным противопоказанием является лишь система учета з/п с местными изысками.
Но в данном случае нужно смотреть насколько эти изыски соответствуют закону, т.к. частенько выясняется, что то что делается неправильно.

А все остальное можно и писать самим. Но даже в этом случае лучше, если есть возможность, писать на той же платформе, что и тиражные модули.
В этом смысле 1С предпочтительнее, особенно v.8. Но у 1С восьмерка пока только начинается и тиражного решения по бухучету нету.

Скорее всего придеться писать заново модуль по производству, т.к. это вещь сугубо специфическая и у каждого свои изыски. Т.е. все равно доработок будет много. Тоже относится и к снабжению, планированию, маркетингу, ценообразованию. Хотя возможны варианты.

Исходя из вышеизложеного, рекомендую найти систему с хорошо развитыми возможностями модификации и программирования. Естественно при этом должны быть хорошие конфигурации по бухгалтерии и з/п с кадрами.