СисойВ типовых 1С учет в каждой базе ведется в разрезе организаций.
У каждой организации - свой префикс документов (можно и в справочниках то же самое сделать, средства языка позволяют).
В принципе, префикс можно назначить и по другому принципу - для каждой удаленной площадки, например (в типовых нет).
Дальше все просто...

И обязательно залочить возможность изменения номера документа юзеров.