Данная проблема возникает из-за того, что при проведении документа блокируется таблица журнала документов. Если при этом проводится расходная накладная, то по каждой позиции происходит расчет итогов на дату/время документа - что долго. Что делать
1) Оптимизировать процедуру проведения, установить фильтры, смотреть на время исполнения и пытаться убрать наиболее затратные моменты.
2) Пытаться решить проблему административным способом - запрет на перепроведение документов например в некоторое наиболее горячее время, когда делаются заказы.
3) Использовать методику гибких блокировок.
4) можно разносить функционал по разным таблицам.
5) можно разносить функционал по разным базам, потом их сливать.
6) можно использовать методологию, когда отгрузка по факту есть - документ проводить только по количественному регистру, не рассчитывать итоги на момент проведения, а списанную себестоимость считать ночью, вечером - потом.
7) сокращать размерность регистров до минимальной, вынося информацию в статусы элементов справочников.

Ссылку сейчас дать не могу, но есть соответствующие dll для 7.7, которые позволяют как напрямую обраться к таблицам SQL (что быстрее раз в 50), так и управлять блокировками, в восьмой версии уже есть функционал для этого, вот только лезть в воду не знамши броду тут не рекомендуется.