giviПодскажите, по каким причинам нельзя что бы выходной день считался днем командировки?
Таких причин нет. Это выдумка вашего бухгалтера.

DeosfenЭ ... не совсем так, как говорит Сисой. Выходной день может считаться днем коммандировки,только в случае если этот день приезда или отъезда, другие дни это выходные.

Т.е. суточные за суботу-воскресенье не полагаются? Надо же, а я всю жизнь их получаю...
Не говоря уже о том, что и без командировок любой выходной день м.б. рабочим: достаточно приказа и оплаты в двойном размере.
Правда лишь то, что если нет специального приказа, сотрудник получает оплату по среднему заработку только за рабочие дни, а за выходные - суточные.

giviА как быть с оплатой командировки водителю, которого отправили в какой нить мухосранск в субботу, что бы приехать туда в понедельник. Это же его непосредственная работа, а не день приезда-отъезда? Как тут быть?

Делайте приказ на сверхурочные рвботы и оплачивайте работу в двойном размере.
Это не его проблемы, а Ваши.