Shocker.Pro ТЗ:
Перебрать все документы "Реализация товаров и услуг" и проставить в табличной части всем "Субконто" - "Номенклатурная группа" элемент с кодом 00000001.

Посмотрите на проблему поглубже. Значение субконто заполняется на основе номенклатурной группы из номенклатуры указанной в другом реквизите Номенклатура.
Таким образом может получается ситуация что значению субконто не соответствует значению НГ номенклатуры.
Это приведет к тому что у вас по 41 (или 43) счету списана номенклатура из одной номенклатурной группы, а по 90 счету оборот отражен по другой номенклатурной группе. Таким образом у вас себестоимость будет формироваться по одной номенклатурной группе (сч. 90.02), а выручка от продаж по другой (сч. 90.01).