Если нежелательно просто апдейт до win2000, то я делал (успешно) так:
1. раскрутил Win2000server на рабочей станции в mixed mode c AD, DNS, WINS.
2. раскрутил там же Exchange
3. подождал, пока среплицировалось
4. остановил NT4 PDC
5. перевёл 2000 в native mode
6. убедился, что логины остались
7. снёс NT4, установил win2000server с AD, DHCP, WINS, DNS
8. установил Exchange
9. опять среплицировал
10. сделал новый сервер мастерами AD
11. остановил (навсегда) win2000 на рабочей станции
12. убедился, что всё ОК
13. убрал все ссылки на win2000server на рабочей станции.
И всё работает.
В Вашем случае модификации очевидны. Если в сети остался какой-либо сервер под NT - то, конечно, переход в native mode делать нельзя.
Удачи!