если программулину писали сами, то можно сделать так чтобы 1c запускалась в отдельном процессе, который как только закончится программулина вызовет logoff.
если же писали программулину не вы, то нужно тупо ее засунуть в батник последовательно записав команды вызова 1c с параметрам и затем вызова logoff. Так как батник - это однопоточная среда, то команды будут выполнены так как написаны и только при завершении выполнения предыдущей запустится следующая
--------------------------------------------------------------
o(O_O)o