если только это, то samba 3.х будет вполне достаточно.

авторА каким образом можно реализовать разграничение доступов пользователей к вложенным папкам на сервере
Точно также как и в windows NT4. Через утилиты. Запускаешь их на любом клиенте и настраиваешь права.

автор
и ограничение доступов на клиентских машинах?

Правая кнопка -> Доступ, а там будешь брать список пользователей из домена. На клиентах лучше поставь ntfs.

автор
А что, действительно могут быть проблемы обновления DNS через DHCP?

Насчет этого ничего не знаю. Так что может быть. Потсавьте samba под Vmware и опробуйте там.

автор
Кроме этого наш админ утверждает, что возможен риск потери базы пользователей и паролей из-за нестабильности работы сервиса Samba, как контроллера домена и файлового сервера.
Точно такой же риск есть и на windows ;)

автор
Я правильно понимаю, что эти проблемы могут возникнуть только из-за кривых рук админа и из-за его непрофессионализма?
Это уже ближе к правде. Если раз настроить, то будет работать годами. Тем более что samba 3.x. может выступать в качестве bdc (это для надежности).