Captd, обычно jdk разных версий ставятся в разные директории, например, /usr/jdk/jdk6 и /usr/jdk/jdk7, одна из этих директорий линкуется в, например, /usr/java (и эта директория будет $JAVA_HOME), а /usr/java/bin уходит в $PATH. В линапсе может быть по-своему, но принцип должен быть тот же. Разные версии jdk/jre (что минорные, что мажорные) друг от друга никак не зависят, друг другу никак не мешают, приложение использует либо версию по умолчанию в /usr/java, либо заданную через переменные окружения. У меня, например, так на одной из систем:
1.
2.
3.
4.
5.
6.
7.
8.
9.
10.
11.
12.
13.
14.
15.
16.
17.
18.
19.
20.
21.
22.
root@blackbox:~# which java
/usr/bin/java
root@blackbox:~# ls -la /usr/bin/ja*
lrwxrwxrwx 1 root root 8 Sep 8 2012 /usr/bin/jade -> openjade
lrwxrwxrwx 1 root root 17 Dec 23 12:52 /usr/bin/jar -> /usr/java/bin/jar
lrwxrwxrwx 1 root root 16 Sep 8 2012 /usr/bin/java -> ../java/bin/java
lrwxrwxrwx 1 root root 19 Dec 23 12:52 /usr/bin/javac -> /usr/java/bin/javac
lrwxrwxrwx 1 root root 19 Dec 23 12:52 /usr/bin/javah -> /usr/java/bin/javah
lrwxrwxrwx 1 root root 18 Sep 8 2012 /usr/bin/javaws -> ../java/bin/javaws
root@blackbox:~# ls -la /usr/java
lrwxrwxrwx 1 root root 10 Dec 23 10:56 /usr/java -> jdk/latest
root@blackbox:~# ls -la /usr/jdk
total 14
drwxr-xr-x 3 root bin 6 Dec 23 10:55 .
drwxr-xr-x 33 root sys 46 Mar 23 09:42 ..
drwxr-xr-x 4 root bin 4 Dec 23 10:54 instances
lrwxrwxrwx 1 root root 18 Sep 8 2012 jdk1.6.0_33 -> instances/jdk1.6.0
lrwxrwxrwx 1 root root 12 Dec 23 10:55 latest -> ojdk1.7.0_30
lrwxrwxrwx 1 root root 19 Dec 23 10:55 ojdk1.7.0_30 -> instances/ojdk1.7.0
