Отчего ж нельзя?
Через mod_rewrite, скажем...

Ммм... Идея, по-моему, очевидна -- на любой запрос выдавать результат обработки одного и того же скрипта. Было указано несколько инструментов для достижения цели. С каждым из них возникла проблема? Какая именно, в таком случае?

Хммм...
Ну хорошо, рассмотрим возможные варианты подробнее в хронологическом порядке...

1. Через mod_rewrite. Требования: наличие соответствующего подключённого модуля Apache и либо возможность указывать его настройки в .htaccess, либо доступ к конфигурационному файлу Apache.
Механизм:
Прописываем правило rewrite такое, что все запросы к сайту перекидываются на некий скрипт, с параметром, равным строке запроса.
В скрипте выполняется необходимый дополнительный функционал, после чего парсится параметр и отдаётся нужная страница (толи тупым инклудом, если на сайте используется только php и статика), толи через дополнительный запрос к сайту (в этом случае следует указать несоответствие ip серверному в качестве условия применения этого правила).
Вариант не особо изящный, но может помочь, когда нет доступа к настройкам php. Кроме того, он более универсален, т.к. может работать даже если на сайте используется какой-то cgi-контент, не обрабатываемый парсером php.

2. auto_prepend_file. Требования: наличие доступа к настройкам php, что означает либо доступ к редактированию php.ini, либо, в случае, если php используется модулем (mod_php4/5), возможность указывать настройки php в .htaccess.
Механизм: так как auto_prepend_file -- это не функция, а параметр конфига, то следует указать в нём скрипт, который будет выполнять те самые невидимые для клиента махинации) Собственно, для этого (не махинаций, но запуска определённого скрипта перед основным), посмотрите документацию .
В случае, если контент сайта состоит исключительно из обрабатываем парсером php, и выполнении указанных выше условий -- вариант идеален. В случае наличия некоторого количества статики -- можно настроить апач также обрабатывать их парсером PHP. И ином случае, ИМХО, метод неприменим.

3. FilesMatch для уточнённого варианта неприменим, ИМХО же.