// читаем содержимое файла в переменную (бинарные данные)
$a = file_get_contents($file);
// читаем один байт из бинарных данных
$b = ord($a{$i});
// читаем 4 байта и преобразуем в 32 битное целое
$c = (ord($a{$i})<<24) + (ord($a{$i+1})<<16) + (ord($a{$i+2})<<8) + (ord($a{$i+3});

Вопросы:
1. Нет ли варианта читать 4 байтовое слово попроще?
2. Записывать 4 байтовое слово в бинарные данные тоже побайтово? Это самый простой вариант?