Инклюд тут никаким боком, заинклюдить можете хоть картинку. Которая будет передана клиенту как текст, если специально не позаботиться об ином. Будете утверждать, что картинка испортилась? ;-)

Так и в Вашем случае, то не файл "портится", то кодировка его не совпадает с заявленной в заголовке HTTP или/и в мета-теге (приоритет зависит от веб-браузера). Если Вы не дали веб-серверу явных инструкций о передаче необходимого сharset в заголовках, тогда вебсервер их отдает по своему усмотрению (по дефолту). И веб-браузер, если не получил четких указаний, может использовать свою дефолтную кодировку. Которая, видимо, случайно совпала с кодировкой файла.