Это уже наверно больше к трепу относится - сравнение языков.

1. По базам - если говорить об удобстве, то мне почему-то больше нравится пользоваться Perl DBI, работа с которым построена на тех же принципах, что и большинство универсальных интерфейсов в других языках. Загрузил нужный драйвер и дальше все пиши стандартно, загрузил другой драйвер - если SQL совместимый, то все заработает и на другой базе. Я полгода назад занимался переводом системы с MySQL на Oracle - если б там пришлось кроме SQL'а менять еще и сами вызовы для работы с базой - наверно бы повесился. За две недели было переведено около 100Кб Perl'ового кода.
2. Удобство чтения.
Это да ... в том же проекте пришлось около двух дней убить на попытки разобраться в используемых структурах данных, ссылка на массив хешей, элементами которых часто являются другие хеши или массивы ... Хотя я почему-то сомневаюсь, что на C/C++ или на той же Java (которой я кстати симпатизирую) было бы проще. Мне встречались такие C программы, в которых разобраться можно было только после реализации той же задачи своими силами.
3. Удобство написания кода.
Вот в этом Perl обгоняет любой другой язык, множество механизмов для написания одной и той же задачи TIMTOWTDI (There Is More Than One Way To Do It). Или доступ к любому элементу любой структуры, записываемый в одну строчку ... Вы никогда не пробовали переводить проект с Perl'а допустим на C - я пробовал, под конец у меня уже крышняк начало сносить, и код получился в несколько раз больше.
4, Отсутствие типизации данных
Сложно сказать, плюс это или минус. Писать проще, отлаживать иногда напряжно.
5. PHP
К этой вещи отношение неоднозначное - есть задачи которые на PHP реализовать сложно, а на Perl'e - достаточно легко, обратной ситуации я представить не могу - может поможете?
Кстати чуть не забыл главное - PHP - Preprocessor HyperText, это вообще язык только с одним применением, а Perl - полноценный язык программирования, для которого Web - не самая большая область для использования.