Если стоит яндекс-метрика или google-analytics или другие сервисы, то могут поймать
(т.е. обычные боты поисковиков видят одни ссылки, а с клиента переходы по ссылкам другие).
Последствия мне неизвестны - никогда так не рисковал.

Хотите верьте, хотите нет, но

Один или некоторые боты google умеет работать как реальный браузер и передает при этом на сервер HTTP_USER_AGENT googlebot
Сервер дергается запросом из JavaScript с информацией о клиенте (например размеры экрана), в HTML-коде и намека нет на этот URL.

То есть однозначно - этот googlebot исполняет JavaScript, но я видел запросы с такого бота крайне редко - на редких страницах
(оно и понятно, что собрать статику - это одно, а отработать динамику как клиент - нагрузка думаю даже для поисковых гигантов громадная).