_Vasilisk_главный вопрос чем они отличаются
Указывая конкретный DOCTYPE ты декларируешь, что html документ соответствует определенной спецификации. От этого зависит какие теги можно использовать в документе. Так, например, тег <center> разрешен в html 4.01 Transitional, но запрещен в html 4.01 Strict. XHTML идет еще дальше по этому пути практически избавлясь от тегов визуальной разметки и пропагандируя так называемый семантический веб. Его суть в использовании html для логической разметки документа, а визуальное форматирование возложено на CSS. Это правильная идея. Однако я не думаю, что xhtml в чистом виде это будущее веба. Причина в том, что раз xhtml базируется на xml, то малейшая ошибка (например, отсутствие кавычек вокруг значения атрибута) должна приводить к ошибке отображения документа. Такая строгость в вебе просто не имеет смысла.

_Vasilisk_2. Уже не помню деталей (давно это было), на какой-то браузер не воспринимал тег <br/>. Ему нужен был только <br>. Что это могло быть?
Скорее всего это был старый браузер не понимавший xml синтаксис объявления тегов.

_Vasilisk_3. У многих наблюдал вместо <br/> пишут <br />. С чем это связано?
В рамках XML это теги эквивалетны. Однако т.к. браузеры не были изначально подготовлены к обработке XML, то приходилось ставить пробел. Без него браузер "видел" неизвестный тег с именем br/.

_Vasilisk_4. Javascript скрипты нужно экранировать <![CDATA[...]]>? все ли браузеры понимают такое экранирование?
Насколько мне известно все современные браузеры понимают это.

_Vasilisk_5. Люди добавляют вначале <?xml version=... ?>. Зачем?
Это называется xml прологом. Его рекомендуется указывать в любом xml документе.

_Vasilisk_Разработчики XHTML 1.1 предполагают, что он постепенно вытеснит HTML.
Надеюсь что этого все-таки не случится. Скорее всего xhtml и html будут существовать совместно. Тем более что сейчас идет работа над html 5. Лично я стараюсь использовать html strict, отчасти следуя при этом xhtml семантике: все теги/атрибуты в нижнем регистре, значения всех атрибутов в кавычках, закрывать все теги в порядке их открытия. Теги вида <br /> не использую.

_Vasilisk_Тогда как быть? Я использую iframe для динамической подгрузки данных с сервера/ Что использовать вместо него? <object...>?
Ставь у документа Transitional DOCTYPE и продолжай использовать iframe.

_Vasilisk_И еще. Прокомментируйте пожалуйста фразу
Всегда сбрасывает шестой и ниже IE в Quirks. Восхвалите Билли.
А что здесь комментировать? XML пролог в самом деле переключает IE6 в Quirks режим. Известная ошибка. На мой взгляд это не представялет проблемы т.к. XML пролог не является обязательным, а кодировку документа лучше указывать в http заголовке Content-Type.