Нужно: находясь на странице и не покидая её вызвать из JavaScript метод сервера.

1) Не усложняя решение это можно сделать "вызвав" новую страницу в новом окне с необходимыми параметрами, которая при "загрузке" проходит через isapi фильтр и косвенно выполняет методы указанные в её теле при программировании на под ASP.NET. Желательно, чтобы эта фиктивная страница была бы НЕ видна и закрывалась бы сразу после загрузки. А та страница, в которой находится пользователь оставалась бы в текущем состоянии нетронута и т.д.

Как это сделать средствами Java Script?

2) Возможно через JavaScript можно непосредственно средствами какого-либо HTTPRequest обратиться как либо к методу ISAPI фильтра, или сгенерить запрос на сервер, кторый бы вызвал некий метод сервера. Что то вроде http:\\metod.dll?a=1,b=2

Блок А.Н.Я работаю с каше, там это встроено.
Вот как решили это программисты интерсистемс:

1.через невидимый Java-applet
2.через невидимый IFRAME - по типу того, что вы предложили в п1
3.через объект XMLHttpRequest

Расшифруйте п.3 пжалста!!!
И если есть - пару примерчиков!!!

Блок А.Н.Примеров к сожалению нет - за меня все делает каше.

Общий смысл - нужно обратиться к странице сервера без перезагрузки текущей страницы.
Есть для этого разные способы вместо открытия окна, но суть остается та же.
Яву знаю вообще очень поверхностно, о XMLHttpRequest лучше ответят AJAX-программисты.

Пример с IFRAME в общих чертах
<iframe id=cmd style='display:none;width:1px;height:1px'>
</iframe>

<script language=javascript>
function exec(command)
{cmd.src='execscript.php?command='+command;
//дальше какая-то интерпретация ответа если нужно
}
</script>

Класнааааа....