На одной статике с JS далеко не уедешь. Вроде внешне все красиво, а посмотришь на структуру - facepalm. А еще часто бывает: "шаг в сторону" и "вываливается" стандартная страница ошибки 404 Web-сервера или хостинг-провайдера, что тоже facepalm.

В корневом каталоге обычно находятся файлы robots.txt и т.п., каталоги assets, cache, images, files (имена могут отличаться, но смысл от этого не меняется). В assets обычно идет деление по типам css, js и т.п. или по модулям и библиотекам. В других каталогах корня деление выполняется в соответствии с адресами страниц, к которым относится содержимое этих каталогов, или все сваливается в свалку, часто с длинными трудно произносимыми именами файлов. Без использования серверного кода каталога cache может не быть, и вместо него будут каталоги и html-файлы, расположенные в соответствии с адресами страниц. Но это уже совсем аскетичные проекты. Вам лучше использовать хотя бы генераторы статических сайтов.