1. Ищи проблему у себя в коде - при вызове функции AC_FL_RunContent() создается новый экземпляр объекта, поэтому работать может любое количество роликов. Возможно, присутствует одна переменная (?). Кстати, советую использовать библиотеку swfobject.js - ИМХО, удобней.
2. Обычно либо ссылка находится внутри флешки, либо onclick привязывается к контейнеру флешки - <object>. Если флешка вызывается через внешние библиотеки, то надо просто добавить один параметр - функцию callback на событие onclick - и прописать в <object>, а на своей странице добавить скрипт с функцией-обработчиком. Возможно, кажется немного муторным, но изменений совсем чуть-чуть, а исполнение правильное.