не помню точно, но "нативный MDI" не поддерживается в WPF, то есть вы фактически не можете создать окно в окне.

kill_zdm,

Всё же просто делается:
А) Делаете элемент управляет Placeholder (этот элемент управления будет обрабатывать события Drop и DragEnter\DragMove и т.д.
(элемент анимируйте так, чтоб при наведении он показывал пользователю о возможности или невозможности разместить элемент управляя). Наследовать можно от ContentControl. В этом же элементе можно разместить элемент из пункта 2.
Б) Делайте элемент управления контейнер содержимого, так как MDI окна будут без хрома, в этом элементе нужно реализовать кнопки Close, Pin\Unpin и так далее. Наследовать лучше от ContentControl. Должен быть заголовок для перетаскивания и выдёргивания из Placeholder'а. DataContext для таких элементов лучше делать абсолютным, а не относительным, так как при перемещении в другое окно DataContext будет унаследован от него, то есть каждая панелька имеет свою модель.
В) Делаете своё окно (наследовать от Window) с блекджеком и девушками с низкой социальной ответственностью.

Как только за заголовок элемента Б кликнули запоминаем координаты, они нужно для сдвига окна относительно мышки.
Незабываем использовать захват мышки (CaptureMouse)
Если заголовок потянули значит панель хотят "оторвать" от Placeholder'а или переместить\бросить на placeholder , при отрыве\прилипании лучше сделать зазор в 20-30 пикселей, чтоб она не отрывались от любого касания, а прилипала и отрывалась на определенном расстоянии
Если панель в placeholder'е, мы удаляем её от туда, создаем окно без хрома (без рамок и кнопок, без кнопки в TaskBar'е), задаем Owner'а, чтоб наше второстепенное окно всегда было выше основного. Размещаем элемент управления в новом окне, как содержимое.
Затем отключаем с помощью WinApi обработку сообщений, так как мышка находится не над основным окном, куда могут кинуть панельку (окно), а над самим перетаскивыемым окном, оно будут перехватывать сообщения от мышки и не давать обрабатывать его в основном. Перемещаем окно за мышкой, если мышка движется, не забываем делать отступ окна левее и выше, на количество точек, которые запомнили в начале
Если окно брошено под Placeholder'ом, он принимает его содержимое, если нет, то панель остается в окне, включаем обработку сообщений и оставляем как есть.
Как только всё готово, можно начать перетаскивание, либо Drag&Drop сделать полностью свой.

как будет готов Placeholder, можно его прикрутить к DockPanel или какой то еще

Еще нужно во всей этой схеме продумывать процесс загрузки и выгрузки Layout'а, для его сохранения. Бессмысленно делать такое, если нельзя сохранить и восстановить состояние после перезапуска.

я бы занялся таким, но только за деньги :)