pr-yanka,

какое окно становится неактивным? модальное или основное?
попробуйте не холдить значение анимации. Если используйте только преобразование.
Так как у вас перемещается окно, нужно использовать не RenderTransform, а LayoutTransform
Translate, то имеет смысл избавиться от группы.
Если у окна есть анимация какая то, имеет смысл реализовывать эту анимацию в самом окне, а не в его родителе.

Надеюсь поможет, но это не точно :) не пробовал

pr-yankaRoman Mejtes,

модальное становится неактивным.
А что значит не холдить значение анимации?
А как это сделать с помощью LayoutTransform? (у UIElement есть только RenderTransform).
Аналогичная анимация будет применяться для других окон, так что...
Layout это область элемента которую он занимает в своем координатном пространстве после того как был завершено макетирование визуального дерево. с помощью метода UpdateLayout можно его перезапустить.
LayoutTransform это трансформации координат самого элемента управления относительно его положения в макете, а RenderTransform это трансформации его Visual элементов, то есть базовых графических элементов.
То есть картинка съехала, а сам элемент остался там где был и вам надо искать кнопку ComboBox'а там где её на самом деле нет.
LayoutTransform это свойство FrameworkElement, оба класса унаследованы от DependencyObject, а значит не зависимо от их типа можно обращаться к любому свойству зависимости.
Просто делайте анимацию на LayoutTransform, А не RenderTransform.