13th,

у меня сделано так:
есть WindowManager : IWindowManager, который открывает либо окно, либо диалоговое окно, в качестве аргументов ему нужна только ViewModel.
Далее WM ищет в ресурсах приложения и в ресурсах Parent окна (если это DialogWindow) стиль с ключом {x:Type MyViewModel}
для данной модели и открывает окно. MyViewModel наследован от WindowViewModel : IWindowModel куда засунуто закрытие окна из ViewModel, проверка при закрытии и прочие ништяки. В WindowManager добавлена вся анимация для окон, а список окон сделан в виде дерева или списка, кому как удобно.
В найденном стиле заданы все параметры для окна, включая свойства Content и ContentTemplate, либо ContentTemplateSelector, иконка и т.д.
Не думаю, что вариант претендует на удобный :) в текущем проекте по верх Manager'а окна идет еще Manager табов.
WM сделан по singleton шаблону и его можно получить в любой момент либо из ViewModel, либо из View. Когда открываю DialogBox из ViewModel, возникает вопрос, какое окно считать родительским, чтоб его "заблокировать", но я не парюсь и просто беру текущее.