fuzz, самый простой способ это выбрать схему именования пары файлов и следовать ей. Например имя бинарного файла должно совпадать с именем скриншота, но иметь другое расширение. Если пользователю не нужно видеть бинарный файл, то его можно сделать скрытым. Неудобство такого решения в том что нужно не забывать удалять или перемещать/копировать файлы парами и что пользователь может удалить скриншот, не удалив бинарный файл.

Можно еще через NTFS потоки. Создаем скриншот, а затем в создаем NTFS поток и пишем туда бинарные данные. Плюс в том что данные связаны и копирование, перемещение, удаление будет работать без лишних усилий. Плюс (или недостаток) в том что бинарные данные пользователю не видны.