Keyboard.ClearFocus() очищается фокус ввода, элемент в фокусе ввода имеет IsKeyboardFocused = true и this.IsKeyboardFocusWithin = true если содержимое этого элемента имеет фокус ввода.
В WPF Есть фокус ввода, и просто фокус. Простой фокус определяется свойством IsFocused, если в окне есть несколько FocusScope, то фокусов будет столько же, сколько и этих областей фокусирования.

класс FocusManager - относится к простому фокусу, а класс Keyboard к фокусу ввода.

Если ты хочешь изменить фокус ввода или фокус, то желательно это делать через диспетчер и приоритетом Input.
Чтоб сбросить фокус в FocusScope, выбери через фокус манагер корневой элемент. Его можно найти в визуальном дереве по IsFocusScope относительно того объект который находится в этой области или окно, оно по умолчанию является областью фокусировки.