С деревом работал мало, поэтому прошу помочь в реализации следующей проблемы.

Будет интернет-магазин, дерево товаров многоуровневое.
Хранение в MSSQL базе

Как лучше хранить ветки дерева, т.е. папки вместе с товаром или в отдельной Таблице?

Как соединять дерево с данными?

Может кто-нить еще что посоветует.
хранить данные можешь как угодно, хоть в одной таблице...запросом соберешь любое дерево!
формируешь данные, заполняешь датасет, далее в цикле или как угодно заполняешь дерево:
foreach(DataRow row in dset.Tables["ТВОИ ДЫННЫЕ"].Rows)
{
TreeNode _node = new TreeNode(row["То что надо отобразить в дереве"].ToString());
_node.Tag = row["идентификатор записи, в дальнейшем пригодиться"].ToString();
treeView.Nodes.Add(_node);