То как генерятся пароли настраивается в параметрах провайдера membership. Вообще по идее такая миграция возможна, в крайнем случае можно сделать своего провайдера, где реализовывать свою логику работы с паролями.

дык эта все ж в исходных кодах доступно можно скачать и посмотреть, а можно скачать и подправить ;) http://download.microsoft.com/download/a/b/3/ab3c284b-dc9a-473d-b7e3-33bacfcc8e98/ProviderToolkitSamples.msi
Хеш солят они так: internal string EncodePassword(string pass, int passwordFormat, string salt)
{
if (passwordFormat == 0) // MembershipPasswordFormat.Clear
return pass;

byte[] bIn = Encoding.Unicode.GetBytes(pass);
byte[] bSalt = Convert.FromBase64String(salt);
byte[] bAll = new byte[bSalt.Length + bIn.Length];
byte[] bRet = null;

Buffer.BlockCopy(bSalt, 0, bAll, 0, bSalt.Length);
Buffer.BlockCopy(bIn, 0, bAll, bSalt.Length, bIn.Length);
if (passwordFormat == 1)
{ // MembershipPasswordFormat.Hashed
HashAlgorithm s = HashAlgorithm.Create( Membership.HashAlgorithmType );
bRet = s.ComputeHash(bAll);
} else
{
bRet = EncryptPassword( bAll );
}

return Convert.ToBase64String(bRet);
}