В DataSet грузятся только те данные которые реально нужны в тот или иной момент времени... В любую таблицу данные грузятся через адаптер в котором в select можно записать все что тебе нужно (я имею ввиду и where в том числе)... А когда ты вызываешь Update() обратно ползут только те строки которые были помечены как новые, обновленные или удаленные. Тоже, кстати через тотже адаптер, через соответствующие команды (если ты их инициализировал)... Загружать всю базу можно только в крайних случаях. Это что касается данных...
А модель базы ты делаешь так как тебе удобно... Иногда действительно можно удобно использовать например связи между таблицами, а иногда - это лишний гемор... По поводу уникальности и primary key колонок - лучше ставить... По крайней мере ты получишь исключение при редактировании строки, а не в момент когда ты заливаешь в базу сразу пачку строк....