А какие собственно здесь возможны изыскания? Вариантов ровно два: либо центральное хранилище на файл-сервере, либо в БД. Ну и несколько десятков строк кода.

Я бы сказал, не "программа запускается и сравнивает свою версию", а "загрузчик запускается и сверяет версии функциональных модулей".

Особой необходимости в центральном сервисе я не вижу, хотя и противопоказаний нет. Просто, когда имеется большая сеть - удобнее обновлять из БД, а оттуда информация получается одним запросом. А при маленькой сети незачем усложнять схему. "Центральный сервис" имхо - вариант для всякого рода удаленки, веба итп.

Кстати, не стоит забывать и о сугубо админских решениях. Попросил настроить rsync - и никакой самообновлялки уже не требуется :)