Вот несколько дней назад на скорую руку сделал почти то же самое. У меня так - вся структура каждого отчёта хранится в нескольких таблицах БД, все запросы, которые возвращают данные для этого отчёта - в ещё одной таблице (запросы лежат как CLOBы). Логика такая - каждая ячейка может либо содержать статические данные, либо формулу, либо результаты каких-то расчётов. Снаружи передаются и биндятся параметры запросов.
Первым проходом результаты всех запросов сбрасываются во временную таблицу, а вторым проходом для каждой ячейки с динамическими значениями выбираются данные из временной таблицы. Соответственно, каждый запрос должен вернуть некое ключевое поле, по которому можно связать запись во временной таблице с некой ячейкой отчёта.

Вот примерно так. Java (для работы с xls пользовался Jakarta POI). Web-интерфейс (Resin). СУБД - Oracle 8i.
Работает нормально, только очень утомляет забивать структуру отчётов, а бэк-энд писать лениво.

Есть ещё более грамотный вариант генерации сначала XML, а потом его преобразовывания в xls, html, pdf, ну и т.д. См., например, Jasper Reports, но мне с ним было откровенно лень разбираться.

Ну напиши сам. Есть такой нюанс, что использовать чьё-то чужое сложное и мощное API надо научиться. Для серьёзных задач, имеющих продолжение - это обязательное требование, а для себя и поизобретать можно.
У меня на всё ушло 3 дня вместе с тестированием и отладкой.

С шаблоном - думал, пробовал, но возникла проблема (баги) с чтением сохранённых экселем документов из POI, поэтому пришлось рисовать всё самому.

PS Плюс мультиплатформенность, кстати.