КантачесВ функциях, методах вроде понятно - после компилирования это разные куски кода.
Не факт. Функции, например, бывают встраиваемые.

Кантачес В циклах - не пойму.
Если на то пошло, с чего Вы взяли, что у этого должен быть какой-то "физический" смысл? Это просто удобно.. во всяком случае, в Алголе решили, что это удобно.

Кантачес Вроде визуально один кусок кода, а объявление в цикле все же "перекрывает" объявление с тем же именем вне цикла.
Ну "визуально" контора "Рога и Копыта" - одна организация, но для отдела тестирования тестировщик Вася "перекрывает" завхоза Васю, в то время как вся остальная контора при слове "Вася" думает именно о завхозе.

AbstractionВопрос при этом разбивается на два: откуда взялась идея перекрытия областей видимости
Насколько я помню, к ней пришли когда потребовалось реализовать рекурсивные вызовы функций и, соответственно, размещение переменных как глобального блока стало резко неудобным.

AbstractionВторой вопрос, как понимаю, скорее исторический - "так сложилось". Удобно выделять в отдельную область видимости конструкции, которые с высокой вероятностью могут оказаться самостоятельными, законченными (условно, подверженными Copy-Paste) фрагментами кода.
Я бы сказал это несколько по-другому. В шестидесятые годы программисты ещё только начинали путь к привычному нам конструированию кода из огромного количества небольших подпрограмм. В то время подпрограмм было гораздо меньше, а сами они - гораздо длиннее и, соответственно, состоящими из большого количества сравнительно мало связанных фрагментов. Это приводило к необходимости определять переменные непосредственно в месте использования или рядом с ним. И, соответственно, было удобно и разумно "замкнуть" такие вот локальные переменные внутри блока, чтобы избежать конфликтов при модификации кода на сто строк выше или на сто строк ниже (здесь ещё стоит вспомнить, что одним из основных носителей тогда были перфокарты и программа нередко модифицировалась или даже конфигурировалась путём "редактирования колоды", то есть добавления или удаления некоторых карт. Взял колоду, вытащил из центра группу синих перфокарт, заменил группой оранжевых - и программа стала считать интегралы другим методом, более подходящим к текущему набору данных).

КантачесПолучается причина появления scope - чисто логическая, а не техническая
Однажды, когда мне было четырнадцать лет, в своей первой серьёзной программе я сделал ошибку - забыл описать в функции переменную I в то время как в программе была описана глобальная переменная I. Причём эта глобальная переменная активно использовалась в цикле, внутри которого вызывалась функция, в свою очередь использовавшая I в цикле. Когда я разобрался, почему у меня получаются такие странные результаты, я хорошо ощутил, что scope - очень логичная и правильная вещь, с которой нужно дружить.