здесь написано в терминах C#, но это не столь важно, другой язык можно, главное идея

есть (абстрактный) класс элементов class Item
от него будут наследоваться определенные элементы (и от них наследоваться тоже вероятно)
элементы одного класса могут входят в какие то коллекции
class Collection<T> where T:Item
элементы вне коллекций быть не могут (то есть принадлежит одной и только одной коллекции)
элементы не создаются сами по себе (запрещено)
только посредством метода коллекции
public TAdd()
элементы могут быть удалены из коллекции методом
public void Delete(T item)
при этом элемент уничтожается (вызывается деструктор для C++ например, для шарпа - ждет сборщика мусора)
кроме того элемент можно удалить и непосредственно вызвав деструктор или метод элемента (от языка зависит)
void Delete()
при этом элемент также должен удалиться из коллекции
при удалении коллекции удаляются все ее элементы

элемент сам может содержать какое то число коллекций (для каждого класса свое фиксированное), они тоже живут только вместе с элементом (хотя есть и "свободные" коллекции
эти коллекции в свою очередь должны быть в коллекции коллекций для удобства выполнения операций над всеми коллекциями элемента

собственно как такое лучше всего сконструировать?

С уважением, Naf