PB и будет ругаться, так как изменяя пустые поля Вы устанавливаете статус записи в "Modified", раз запись уже существует. Соотвествующе при Update будет сгенерирован UPDATE оператор, однако так как записи в БД на самом деле не существует, то обновлено записей не будет, о чем PB Вам честно и говорит, проверяя результат выполнения UPDATE. При добавлении же у Вас и будет все срабатывать, т.к. запись получает статус NewModified, соотвествующе PB сгенерит к ней оператор INSERT, который и вставит новую запись.

Есть несколько путей решения Вашей проблемы:
1. Если СУБД поддерживает обновление представлений с LEFT JOIN-ами, то можно написать представление и указать PB обновлять его. Например, JET движок позволяет такое осуществлять на уровне штатных средств, на MSSQL можно написать INSTEAD OF триггер на представление, в ASA 9 можно набор данных свалить в глобальную временную таблицу и написать соотвествующие триггера раскидки изменяемых в ней данных по БД.
2. Если СУБД поддерживает хранимые процедуры, то можно написать на добавление, обновление и удаление соотвествующие ХП и указать PB проводить все операции через них. В самих ХП уже спокойно можно разруливать любые сложные ситуации.
3. Можно написать контроль в DataWindow Control на изменение данных, где будет проверяться, что если редактируется существующая запись, но ее на самом деле в БД нет, так как поля содержат NULL, то сбрасывать статус такой записи с Modified на NewModified.