тема обсуждалась сто раз читайте Тюмбит ... если смотреть трезво - то выбор системы зависит от требований к учетной системе.
На мой ЛИЧНЫЙ взгляд
для автоматизации крупного разношерстного предприятия я бы выбрал Галактику (объяснять долго - по этому поводу много говорено ),
для решения задач - много пользователей одна простая операция, очень специфическая задача где надо много самому писать(почти все), либо наоборот очень стандартная где все притивно и доработка нужна минимальная - конечно 1С.

Либо их комбинация...тоже очень приемлемый вариант. на местах 1с - в головном Галактика.