Вы еще подеритесь, горячие финские парни.
:)

1. По моему не принципиально справочником или документом.
В разных ситуациях и то и другое может оказаться медленным.
Но как правило медленнее - подчиненный документ, т.к. цепочка получаается - журн, црдок, ДШ, ДТ.
Лично я, как правило, предпочитаю справочники - различные производственные документы с несколькими табличными частями и делать несколько подчиненных доков, а если одна таб часть подчинена другной, а это в свою очередь, третьей и т.д., то совсем весело получается.
ИМХО.

2. При двух табличных частях, можно все затолкать и в ТЧ документа. А на экранную форму выводить в двух таблицах значений.

3. Чего делать не стоит, это хранение в текстовых полях. Контроль целостности теряется на уровнре системы, да иглюки бывают когда всяки "значения в строку внутр туда сюда таскаешь".
Тем более организовывать хранение в различных внешних файлах или таблицах sql (видел как то такое извращение).
Но в принципе в простых случаях можно и так, в строку. Например, список сотрудников, проводивших просчет по конкретной инвентарной ведомости, можно в строку загнать. Информация по сути нужна только для печати ведомости, ну и немного на время инвентаризации, а потом она никого не интересует. Да и инвентаризации если проводятся 1-2 раза в год ...

4.
vitkhvLast1Cmen,
Ну так что по вашем делает 1С когда любой объект перезаписывает?
Она его удаляет!
1С слова Update вообще не знает.
Еще раз юзаем профайлер хоть вы и говорите, что у вас на него алергия!

Если говорить о движениях регистра, то вы правы.
Документы и элементы справочника при перезаписи именно апдейтит, а не удаляет, потом создает заново.

5. А вообще, не понимаю зачем пени и их расчет в документ оплата отчетов комиссионера.
Делайте отдельный документ начисления пени. И все.
Как правило пени начисляют на некоторые просроченные суммы. Чаще всего начисления идут зависимо от дней просрочки и соответсвенно привязаны к документу создавшему задолженность.
Пени - увеличение задолженности и на них, могут быть начислены еще пени и т.д. (в зависимости от договора).

Не проще расчет/начисление пени просто напросто отдельно делать?

ИМХО.

Last1Cmenвот попробуйте перепровести месяц с 2мя док-тами (основным и подчинённым) и с 1 док-том плюс удалением/созданием новых элементов справочника ему принадлежащего штатно и увидите разницу

я её видел и справочники использовал только если их немного будет (порядка десятка) и модификации они подлежать вряд-ли будут

Причем тут удалить/создать элементы справочника при проведении?!

В справочнике хранить табличные части человек собирается, а не заменять ими регистры/движения по ним. Справочники только читать нужно.