А разве этим варианты исчерпываются??? Если я имею в виду именно страну (отдельный вопрос, одно и то же ли страна и государство, но замнем его для краткости), разве я обязан пользоваться ее полным названием? Я не могу сказать "в Россию", а обязательно "в Российскую Федерацию"? А если Вы сейчас согласитесь, что можно "в Россию", то Ваш принцип стандартизации предлогов приведет Вас к тому, что можно и "в Кубу". Как Вы думаете, если Розенталь приводит это сочетание и даже объясняет его происхождение, он считает его существующим или нет?

Да, конечно. Только у него список исключений неполный.

Тут исключений слишком много, и они слишком разнообразны. Если пытаться формулировать, то получится что-то типа "те государства, которые полностью состоят из одного острова, причем название острова совпадает с названием государства". То есть Япония не войдет, потому что островов много, а Куба войдет. Но после этого возникнет вопрос, что делать с мелкими островками и начиная с какой площади в процентах от главного острова считать их мелкими. Так что предлагаю забросить попытки формулировать это правило - и смириться с тем, что исключения задаются списком.