Ну ты и подсказал. Филиалы не могут находиться они могут размещаться , располагаться. "Фiлії розташовані у містах".

Тут дело не в стилистике. В украинском языке находиться может только то, что теряется.
Поэтому говорят по-русски "Мой брат находится на Украине" , но на украинском "Мій брат перебуває на Україні".
Но если братья потерялись по одному на Украине,тогда по очереди "знаходяться".(То есть отыскиваются).
В нашем случае с филиалами можно и так "Філії є у містах". Не все так просто. Конечно, эта языковая тонкость формирует мысле -формы, а если навскидку переводить то можно не учесть эту тонкость.