Попробуй отключить предупреждения.

Application.DisplayAlerts = False

orunbekИли попробуй перед сохранением проверить наличие этого файла, если есть удалить и затем сохранить.

Да, так тоже можно, но возникают сложности, если этот файл был открыт уже кем-то другим.
Можно сделать так:
On Error GoTo NEWName
Kill "Путь+имя файла"
ActiveWorkbook.SaveAs Filename:= _
"Путь+имя файла", FileFormat _
:=xlNormal, Password:="", WriteResPassword:="", ReadOnlyRecommended:= _
False, CreateBackup:=False

Exit Sub

NEWName:
ActiveWorkbook.SaveAs Filename:= _
"Путь+другое имя файла", FileFormat:=xlNormal, _
Password:="", WriteResPassword:="", ReadOnlyRecommended:=False, _
CreateBackup:=False