gvozdev,

а как сохраняете? Из VBA кнопкой дискеты? Или из активного файла?
Почему спрашиваю: настораживает фраза

надстройка не закрывается сама - она закрывается вместе с Excel. Или, если изначально это был файл другого формата, впоследствии сохраненный как надстройка, то сначала его надо открыть, внести изменения в коде, сохранить из VBA .

gvozdev,

тогда нужно больше информации: где создаете код(в каком модуле), как создаете, куда сохраняете, как закрываете . Ибо симптомы очень похожи на то, что пытаетесь открыть надстройку, которая уже открыта.
Для чистоты эксперимента можно переименовать проект VBA(Tools -VBAProject Properties -Project name). После всех изменений скомпилировать: Debug -Compile project. И закрывать полностью Excel. Надстройку при этом не подключать , а открывать каждый раз как отдельный файл.
Так же попробовать сохранить изменения в другом файле. Если все сохраняется, то создать новую книгу, перенести в неё необходимые коды и сохранить как надстройку в корень диска С. Открыть, внести изменения в код, закрыть. Открыть. Посмотреть, сохранились ли изменения. Если да - закрыть и перенести файл в нужную папку, открыт заново. Внести изменения, сохранить, закрыть. Открыть и посмотреть, сохранились ли изменения.
И обязательно убедитесь, что сохранение идет в папку, к которой полные права доступа(чтение и запись).

gvozdev,

ищите проблему где-то у себя. Тут вообще два варианта:
1. Либо Вы изменения делаете не в том файле, хотя настоятельно думаете, что все верно.
2. Глючит офис и просится на переустановку.
Хотя не вижу, чтобы Вы отписались по поводу других советов: создать новую надстройку, сохранить в корень диска С и т.д.