Не очень понятно, в чем проблема.

Я бы делал так:
1. Копировал исходный файл в какой-то другой
2. Открывал его
3. Удалял не нужное (от начала до нужной метки, от следующей метки до конца)
4. Сохранял файл
овторять столько раз, сколько меток.

Хотя и в этом случае проблемы с форматированием IMHO вполне могут быть. Например: отсутвие/присутствие номера страницы на первой странице, нумерация страниц (изменится) и так далее.

lag-nsiс сохранением форматирования
IMHO гарантии сохранения форматирование более-менее можно дать только в том случае, если резать по границам разделов. В остальных случаях оно неизбежно "поедет" в большей или меньшей степени. Хотя все зависит от того. что считать "форматирование".