Вас ничего не смущает в этом:Piter_22 Скрытые и пустые ячейки?
Скрытые и пустые это не одно и то же, что нуль.
Поэтому Вам надо выделить столбец(или столбцы) с числами, где есть нули - Ctrl + H .
Найти: 0
Заменить на: оставляете пустым.
При этом нажать кнопку Параметры и поставить галочку напротив "Ячейка целиком".
Нажать Заменить все.
После этого ячейки, в которых нули станут пустыми и Ваш график будет выглядеть как Вы и хотели.