если вы ведете проект без использования проджект сервера, то есть у вас только ваш файл, то отслеживать фактические трудозатраты вы будете сами, постоянно пиная своего подчиненного. если будете использовать проджект сервер, то файл проджекта публикуется на сервере, к подчиненному приходит сообщение со ссылкой, естественно после его назначения на задачу (работу) и до этого вы определяете начало и конец его работы (если по датам), либо по часам, куда мол ему идти (ссылка ведет на проджект сервер), через браузер у него отображается его задача и запланированные вами часы или дни:) он отражает свои фактические трудозатраты в часах за неделю (если ему стояло много задач), то сам распределяет часы между ними, и у него стоит ограничение на ввод не более 8 часов работы в день (это при стандартном календаре).

кроме того в проджекте вообще есть возможность создать не сплошную задачу, а прерывистую, то есть с разрывом. отображаться она будет так ***...**...*, где * обозначают прямоугольник(это в проджекте такое обозначение). В любом случае все затраты, шо вы вводите сами - это план. В любом случае ФАКТ идет от вашего подчиненного:), либо вы за него заполняете какждый день количество отработанных часов в поле "Фактические трудозатраты".