В настройках можно отключить по частям, что именно FineReader будет пытаться воспроизвести, типа разметку страницы, картинки, форматирование абзацев, размер шрифта, жирность/курсив и т.п.
В конечном итоге, если поотключать все, он будет выдавать plain text. Экпериментируй.