Да, в качестве уникальных элементов фильтра возможно использовать не более 10 000 элементов. Все, что выходит за пределы недоступно быстрым фильтрам. Т.е. в данном случае у Вас уникальных значений в столбце более 10 000, т.к. каждая строка уникальна. И поэтому в фильтр попадают только первые 10 000 строк. И только заливка этих первых строк попадает в фильтры по цвету. А другие цвета начинаются только со строки 10 350.
Как вариант - создать доп. столбец справа, в который скопировать данные из первого столбца и прописать одно единственное значение(допустим 1). Тогда в нем будут доступны все цвета.