BelowZeroпрограмма должна создавать и удалять текстовые файлы на хостинге через php. как сделать так, чтобы делать это имела право только моя программа?Это означает, что:
1) на хостинге должен быть создан каталог, в котором только один специально созданный пользователь имеет право создания и удаления файлов (рут - не в счёт);
2) логин и пароль этого пользователя должны использоваться PHP-скриптом для подключения к файловой системе при выполнении операций.

Будет ли программа передавать эти логин и пароль скрипту, или они буду захардкодены и использоваться только при программной аутентификации - дело твоё.

Ну и твоё так же дело, как это будет организовано - прямой вызов скрипта программой или отработка скрипта по эвенту (или по крону) на основании выставленного программой маркера.

BelowZeroоткопал какие-то FTP аккаунты, но это, наверное, не тоЭто именно то. Раз права на ФТП, то и учётная запись - именно там.